Az MM küldetése, hogy felébressze és fenntartsa a természet és kultúra sokféleségének megismerése és megértése iránti igényt és elkötelezetté tegye a társadalom tagjait a természeti környezet és kulturális értékek megőrzése iránt. Ennek érdekében gyűjti, őrzi, kutatja és bemutatja a természettudományokra és történettudományokra jellemző tárgyakat és ismereteket, különös tekintettel az észak-magyarországi régióra, a Mátra vidékére és Gyöngyös város környékére.
A nemzeti vagyon részét képező magyarországi és észak-magyarországi, Mátra vidéki természettudományos és helytörténeti gyűjteményeit, tudását és felkészültségét felhasználva kiállítások, közönségprogramok és publikációk formájában komplex múzeumi élményt nyújt a társadalom valamennyi rétege számára, különös tekintettel a régióban élőkre.